В данной ситуации любая инициатива должна исходить от работодателя, в виде письменного уведомления за подписью руководителя организации. Если вы не хотите портить отношения с работодателем, попросите на подпись новый трудовой договор, а потом уже отдавайте заявление на увольнение.